Głównym wskazaniem do stosowania tarczycy bajkalskiej są ostre i przewlekłe stany zapalne. Połączenie silnego działania antybakteryjnego i przeciwwirusowego jest wykorzystywane w leczeniu stanów zapalnych jamy ustnej i dziąseł.

Właściwości lecznicze Scutellaria baicalensis są znacznie szersze. Napar z korzenia lub suplement diety w postaci pastylek przynosi ukojenie nerwów i poprawia jakość snu. Czyni to z tarczycy bajkalskiej łagodny środek uspokajający, ponieważ łagodzi stany lękowe, a nawet działa przeciw epilepsji czy nerwicy.