W Marvel's Spider-Man 2 historię śledzimy z dwóch perspektyw: Petera Parkera i Milesa Moralesa. Punktem wyjścia dla niej jest przybycie do Nowego Jorku, Kravena, łowcy i lidera grupy najemników, który szuka tam nowego wyzwania. W grze pojawia się też jednak wielu innych bohaterów znanych z komiksów.