Fabuła filmu opowiada o tym, jak Kapitan Jack Sparrow, do którego dołącza później Angelika, wyruszają w podróż w poszukiwaniu Fontanny Młodości, którą pragnie znaleźć również słynny i legendarny pirat Czarnobrody. Fabuła filmu została oparta na powieści Na Nieznanych Wodach z 1988 roku autorstwa Tima Powersa.