W życiu Owena nic nie dzieje się tak, jak trzeba, odkąd jego ojciec zmarł w więzieniu. Chłopiec próbuje oczyścić imię ojca, wierząc, że oskarżenie było niesłuszne. Pomoc nadchodzi od strony Monroe'a - prawdziwego szkolnego specjalisty od IT, który udostępnia maszynę Animus. Podczas symulacji Owen odkrywa istnienie Trójzębu Edenu - starożytnego artefaktu, znanego z legend. Odtąd asasyni i templariusze nie codną się przed niczym, by zdobyć ten bezcenny przedmiot. Żeby wyjść z tego cało, chłopiec musi znaleźć go jako pierwszy.

Owen wraz z grupą przyjaciół przenoszą się do wspomnień zapisanych w ich własnych kodach genetycznych. Trafiają w sam środek nowojorskich prostestów przeciw przymusowemu poborowi w 1863 roku, a następnie do imperium Azteków podbijanego przez Hernana Cortesa. Bedą musieli sie sprawdzić w tych bezwzględnych czasach, a ich doświadczenia z przeszłości wyrwą ogromny wpływ na teraźniejszość.