Doktor Lou Welcome zabiera swojego największego przyjaciela, Capa Duncana, na konferencję w Atlancie. Podczas biegania po górach dochodzi do tragicznego wypadku: Cap doznaje otwartego złamania kości udowej. Lou udziela mu pierwszej pomocy, a w szpitalu chirurdzy ratują nogę, ale rana pooperacyjna zostaje zainfekowana przez mięsożerne bakterie nazwane przez media Mikrobem Sądnego Dnia. Drobnoustroje są oporne na wszystkie znane antybiotyki.

W tym samym czasie w miejscowości położonej setki kilometrów od Atlanty nastoletnia dziewczyna walczy o życie z powodu zakażenia tymi samymi bakteriami. W mgnieniu oka chorych zaczyna przybywać, a lekarz, który miał za zadanie znaleźć sposób na zwalczenie bakterii, zostaje uprowadzony przez Stowarzyszenie Stu Bliźnich, które z premedytacją doprowadza do zakażania pacjentów szpitali, żeby w ten sposób szantażować rząd i zmusić go do zamknięcia wszystkich programów pomocowych. Lou musi zrobić wszystko, by na własną rękę powstrzymać rozprzestrzeniającą się epidemię. Brakuje mu jednak czasu, sprzymierzeńców i, co gorsza, musi uważać, by samemu nie paść ofiarą śmiercionośnych mikrobów.