Spali przez setki lat, śniąc o nowym domu gdzieś w Galaktyce Andromedy. Kiedy się obudzili, zrozumieli, że to już koniec marzeń o pokojowej egzystencji. I tak oto koloniści wielu ras – turiańskiej, salariańskiej, asari, ludzkiej i innych – stają w obliczu niewyobrażalnych zagrożeń i niezbadanych obszarów kosmosu.
Nexus to olbrzymia stacja kosmiczna, centrum dowodzenia i zarządzania kolonizacją. Kiedy jego załoga budzi się, odkrywa wszechobecne zniszczenia na statku, do którego zdążają już arki z kolonistami. Cała misja staje pod znakiem zapytania. Sloane Kelly, dyrektor do spraw bezpieczeństwa, musi zmierzyć się z niełatwym zadaniem: zaprowadzić porządek i zidentyfikować zagrożenie. Jeśli nie uda się jej tego dokonać, Inicjatywa Andromeda może zakończyć się fiaskiem.