W grze użytkownicy będą mogli wykazać się umiejętnościami oraz honorem, stawiając czoła kolejnym falom wrogów jako ninja Lloyd, Nya, Jay, Kai, Cole, Zane oraz mistrz Wu, broniąc swego domu, Krainy Ninjago, przed złym lordem Garmadonem i jego rekinią armią. Aby to zrobić, będą musieli opanować Zwinnitzu, technikę pozwalającą im na przemierzanie Ninjago dzięki szeregowi umiejętności takich jak bieganie po ścianach, wysokie skoki czy walka z wrogami i rozwój swych zdolności bojowych. Odkrycie mocy Spinjitzu pozwoli im natomiast walczyć wspólnie.