Powieść przedstawia dzieje konfliktu polsko-krzyżackiego, a akcja utworu toczy się od 1399 (rok śmierci królowej Jadwigi) do 1410 (bitwa pod Grunwaldem).

Tłem historycznym Krzyżaków jest fragment historii Polski przedstawiający konflikt jagiellońskiej Polski z zakonem krzyżackim. Przy pisaniu powieści autor korzystał z Kroniki Janka z Czarnkowa, Historii Jana Długosza, dzieł takich historyków jak Stanisław Smolka i Karol Szajnocha, niemieckich i francuskich opracowań historycznych, map, odpisów ksiąg itd.

Rycerz Maćko z Bogdańca razem ze Zbyszkiem zatrzymują się w Tyńcu. Przybywa tam na odpoczynek także orszak księżnej mazowieckiej Anny Danuty, która w drodze na Wawel postanowiła odwiedzić opactwo tynieckie. Zbyszko zakochuje się od pierwszego wejrzenia w dwórce księżnej, Danusi Jurandównie. Po długich staraniach młodzi pobierają się. Danusia zostaje porwana przez Krzyżaków, którzy chcą się zemścić na jej ojcu Jurandzie ze Spychowa, który jest prawdziwym postrachem rycerzy zakonnych. Wzywają Juranda do Szczytna, gdzie go upokarzają i więżą. Zbyszko odbywa pojedynek na śmierć i życie z bratem Rotgierem, jednym z ukochanych rycerzy Zygfryda de Löwe, i zwycięża. W odwecie Zygfryd każe oślepić Juranda, wyrwać mu język i odciąć prawą dłoń. Kaleki i bezradny zostaje on wypuszczony z zamku w Szczytnie. Na drodze spotykają go Jagienka Zychówna wraz z Hlawą i odwożą go do Spychowa.

Tymczasem Zbyszko nadal poszukuje Danuśki. W końcu dziewczyna zostaje odnaleziona, ale umiera w drodze do Spychowa. Załamany Zbyszko długo nie potrafi się pogodzić ze stratą ukochanej. Wreszcie zauważa troskę i miłość pięknej Jagienki Zychówny i żeni się z nią.

Kulminacją powieści jest zwycięska bitwa pod Grunwaldem, przedstawiona jako tryumf oręża polsko-litewskiego. Przebieg bitwy Sienkiewicz odtworzył według Jana Długosza i pod wpływem obrazu Jana Matejki. Powieść opisuje wiele wydarzeń i postaci historycznych, choć nie wszystkie opisane są zgodnie z prawdą.