Werter przyjeżdża w sprawach spadkowych matki do małej miejscowości Wahlheim. Przed przybyciem tam stał się bohaterem skandalu towarzyskiego. Teraz więc skupia całą swoją uwagę na przyrodzie, szuka spokoju, niespecjalnie zabiega o intensywne kontakty towarzyskie, choć ludzie i tak do niego lgną. Werter cieszy się obecnością prostych ludzi wokół siebie. Poznaje piękną Lottę, córkę miejscowego komisarza. Dziewczyna robi na nim piorunujące wrażenie, co poświadcza natychmiastowa zmiana tonu listów do Wilhelma. Werter zostaje zaproszony na bal. Towarzystwo, w którym był, pojechało po dziewczynę, którą mężczyzna zobaczył w białej sukience, kiedy rozdawała chleb swojemu młodszemu rodzeństwu. Ten obraz dla wrażliwego Wertera był absolutnie wyjątkowy. Lotta w jego wyobraźni natychmiast urasta do anioła, postaci nieziemskiej. Wspólny powrót z balu jeszcze tylko wzmacnia jego przekonania. Od tamtego momentu Werter coraz częściej bywa w domu Lotty. Zbliża się także do jej młodszego rodzeństwa, którym dziewczyna opiekuje się po śmierci matki. Werter i Lotta coraz bardziej się do siebie zbliżają, mężczyzna nabiera coraz większej śmiałości w deklarowaniu swoich uczuć. To wszystko jednak dzieje się przy świadomości, że Lotta jest już zaręczona, a jej narzeczony – Albert za chwile powróci do miasta. Przy okazji Werter poznaje ciekawych ludzi – proboszcza opowiadającego o cieniu orzechów, z których jeden zasadzono przy narodzinach jego żony, a także parobka zakochanego we wdowie, która jest jego panią. Świat wydaje mu się arkadią, miejscem szczęścia i spokoju. Wszystko jednak przerywa powrót Alberta. Sytuacja staje się o tyle bardziej skomplikowana, że Werter nie potrafi darzyć niechęcią narzeczonego Lotty, odbywa z nim ciekawe rozmowy, można odnieść wrażenie, że mężczyźni się zaprzyjaźniają. To sprawia, że Werter cierpi jeszcze bardziej. Nie jest w stanie walczyć z Albertem o Lottę, a jednocześnie nie ma w nim gotowości do tego, by wyjechać. Z czasem jednak dojrzewa do tej decyzji i bez pożegnania opuszcza Wahlheim.

Rozpoczyna pracę u pewnego posła, co jednak okazuje się bardzo szybko ogromną pomyłką. Mężczyzna jest bardzo uciążliwy, powolny, a poza tym permanentnie nieszczęśliwy i marudzący. Werter męczy się w tej pracy, ma poczucie, że jest ona absolutnie niezgodna z jego charakterem i duszą. Początkowo przyjemność sprawia mu znajomość z hrabią von C. i panną von B. Kiedy jednak okazuje się, że zostaje wyproszony z jednego ze spotkań arystokracji jako niegodny znajdowania się w takim towarzystwie, czuje się kompletnie nieszczęśliwy i podejmuje decyzję o opuszczeniu tego miejsca. Upokorzenie to było dla Wertera ogromnym ciosem. Jeszcze większym okazała się informacja, że Lotta i Albert są już po ślubie. Werter ostatecznie jednak, mimo świadomości, że już nic nie można odwrócić, na nowo przyjeżdża do Wahlheim. Brakuje mu Lotty, tęskni za nią i uświadamia sobie, że nie jest w stanie żyć z dala od niej. Z jednej strony przyjazd przynosi mu pewną ulgę, z drugiej – cierpienie powoduje konieczność oglądania związku dwójki jego przyjaciół. Postrzeganie świata przez Wertera w stosunku do tego, co działo się w pierwszej części powieści, radykalnie się zmienia. Wszystko widzi w ciemnych barwach. Historie rozpoczęte w pierwszej części powieści kończą się negatywnie – proboszcz umiera, a orzechy zostają ścięte, bo przeszkadzają nowej proboszczowej, parobek atakuje wdowę, za co zostaje zwolniony ze służby, po czym zabija swojego następcę. Do tego Albert coraz gorzej znosi obecność Wertera, prosi Lottę o ograniczenie kontaktów z nim. Werter czuje, że jest coraz bardziej obcy, niechciany, a jednocześnie nie jest w stanie oddalić się od Lotty. Kiedy przed Bożym Narodzeniem wspólnie czytają „Pieśni Osjana”, Werter całuje kobietę. Ta przerywa jednak to zbliżenie i ucieka do innego pokoju. Werter jest coraz bliżej decyzji o samobójstwie, zamierza się jednak do tego metodycznie przygotować i zrobić wszystko spokojnie. Pożycza od Alberta pistolety, o których kiedyś rozmawiali. Lotta, przekazując je służącemu, ma bardzo złe przeczucia, ale nie ma odwagi powiedzieć mężowi, co zaszło między nią a Werterem.

Werter pisze listy pożegnalne do Wilhelma i Lotty. Samobójstwo popełnia 20 grudnia o północy po ostatnim spotkaniu z ukochaną. Następnego dnia rano konającego jeszcze Wertera znajduje służący. Wezwany zostaje lekarz, Lotta, Albert i komisarz. Werter z raną postrzałową zostaje ułożony na kanapie, gdzie o dwunastej w południe umiera. Dzięki komisarzowi udaje się załatwić szybki pogrzeb, jeszcze tego samego dnia o jedenastej wieczorem. Udziału w nim nie bierze żaden ksiądz, a także Lotta i Albert. Werter zostaje pochowany we wskazanym przez siebie miejscu.