Czarna woda poprzez opowieść o pogrążonym w kryzysie człowieku zgłębia najbardziej mroczne wydarzenia historii najnowszej – przenosimy się z Indonezji końca lat dziewięćdziesiątych do zimnowojennej Europy, z okresu dzieciństwa głównego bohatera w Kalifornii z czasów walki o prawa obywatelskie do Indonezji 1965 roku, gdy rozpoczynają się zbrodnie ludobójstwa.