Akcja osadzona została w wigilię, kilka lat przed wydarzeniami przedstawionymi w Batman: Arkham Asylum. Człowiek-Nietoperz dopiero rozpoczyna swoją karierę superbohatera, tymczasem jeden z najgroźniejszych łotrów w Gotham City – Czarna Maska (Black Mask) wyznaczył nagrodą za jego głowę. Batman musi stawić czoła polującym na niego złoczyńcom i odkryć, dlaczego ktoś pragnie jego śmierci.
W porównaniu z poprzednimi grami, Batman: Arkham Origin oferuje znacznie większy obszar działania, składający się z dwóch dzielnic: Starego i Nowego Gotham. Przemieszczanie się pomiędzy lokacjami znacząco ułatwia możliwość posługiwania się samolotem – Batwingiem. Analogicznie do wcześniejszych osłon cyklu Człowiek-Nietoperz może wchodzić do wielu budynków, odwiedzając dzięki temu między innymi posterunek policji, siedzibę banku czy luksusowy hotel.

Od strony technicznej Batman: Arkham Origins wykorzystuje możliwości zmodyfikowanej wersji silnika Unreal Engine 3, którą zastosowano również w Batman: Arkham City. Zapewnia ona wysokiej jakości oprawę audiowizualną.